Na sequência do PRACE (Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado) foi publicada uma nova Lei Orgânica do Ministério da Saúde através do Decreto-Lei nº 212/2006 de 27 de Outubro. Aqui se definiu o INSA como um Instituto Público, laboratório do Estado da Saúde, e se explicitaram a sua missão e atribuições, essencialmente em torno da ideia do seu contributo para ganhos em saúde pública. Mais tarde, o Decreto-Lei nº 271/2007 de 26 de Julho e a Portaria nº 812/2007 de 27 de Julho vieram dar corpo às orientações iniciais. O INSA viu também as suas atribuições reforçadas com a inclusão do ex-Instituto de Genética Médica Doutor Jacinto Magalhães.
É sobre a forma de concretizar estes mandatos que o Plano de Desenvolvimento Estratégico (PDE) se debruça. Todo o Plano decorre de uma visão para o INSA: realizar-se como instituição de excelência ao serviço da saúde pública, constituindo um braço armado do sistema de saúde na luta contra os principais riscos para a saúde da população, apoiando-se em ciência sólida e nas melhores práticas, em todas as sua funções essenciais.
O Plano espelha ainda um conjunto de valores que norteiam o novo INSA. Entre eles, o primado do interesse colectivo, o rigor científico, a gestão orientada para resultados, a partilha de conhecimentos e esforços, a preocupação em prestar contas públicas sobre o trabalho realizado.
O PDE resultou de uma longa reflexão através de ampla consulta interna seguida de uma vasta audição pública. Assim se definiram os nove objectivos estratégicos e as respectivas linhas de actuação para o período 2008-2012.