O Conselho Directivo é o órgão responsável pela gestão, planeamento, coordenação e avaliação da actividade do INSA, I. P., bem como pela direcção dos respectivos serviços, em conformidade com a lei e com as orientações governamentais. É composto por um presidente e dois vogais.
O Conselho Directivo é actualmente constituído por José Pereira Miguel (Presidente) e dois vogais, Filomena Parra da Silva e José Manuel Calheiros.